[Python] DCM파일을 jpg나 png의 image 파일로 변환

DCM 확장자를 png image 파일로 변환

DICOM(Digiral Imaging and Communications in Medicine)은 의료 분야에서의 표준으로 파일들을 보면 .dcm으로 되어 있다.

 

 

방법 1

dcm 파일은 밑의 명령어로 적어둔 pydicom 패키지를 설치해서 파일을 읽고 변환해서 바로 사용할 수도 있다.

(해당 방법은 해당 글에는 적지 않았다.)

pip install pydicom

 

 

방법 2

그리고, 밑의 명령어로 적어둔 mritopng 패키지를 설치해서 png나 jpg와 같은 이미지로 변환해서 바로 저장할 수 있다.

pip install mritopng

 

 

mritopng를 사용해서 이미지를 저장하는 방법은

1. 단일 이미지 파일에 대해 저장
2. 폴더 내의 이미지들에 대해 저장

이 있다.

# 단일 이미지 파일 저장
mritopng.convert_file('filename.dcm', 'filename.png')


# 폴더 내의 이미지 저장
mritopng.convert_folder('dcm_image/', 'png_image/')

 

 

방법2에서 오류가 발생하였을 경우

방법 2에서 다음과 같은 오류가 발생할 경우 내 경우에는 다음 패키지를 설치했더니 문제없이 잘 동작했다.

Error

RuntimeError: The following handlers are available to decode the pixel data however they are missing required dependencies: GDCM (req. GDCM), pylibjpeg (req. )

or

NotImplementedError: The pixel data with transfer syntax JPEG 2000 Image Compression (Lossless Only), cannot be read because Pillow lacks the JPEG 2000 plugin

 

 

solution

pip install pylibjpeg pylibjpeg-libjpeg pylibjpeg-openjpeg